Les actualités fiscales de la fin d'année 2025 - Un nouveau guide CIR MESR, un PLF26 au rythme des amendements
La fin d’année est traditionnellement riche en terme de fiscalités sur l’Innovation et sur le CIR. Retrouvez ici nos dernières analyses
Un nouveau guide CIR (Guide MESR 2025)
Ce mercredi 29/10, le MESRE a publié le nouveau millésime 2025 de son guide MESR. Bien qu’il n’ait pas de valeur juridique (contrairement au BOFiP ou au CGI), il reste la référence pratique pour structurer vos dossiers justificatifs et sécuriser vos déclarations CIR. Nos experts ont décrypté pour vous les modifications majeures.
Quelles nouveautés sur le guide MESR 2025 par rapport au guide MESR 2024?
Dans la continuité du BOFIP paru le 13/08/2025, le guide MESR a principalement mis à jour l’impact de la loi de finances 2025 qui a profondément modifié le contour du CIR 2025. Comme nous l’expliquions et l’analysions au cours de nos derniers évènements et articles, les impacts majeurs que nous retrouvons dans le guide MESR sont:
- La Suppression du dispositif Jeune Docteur
- Exclusion des frais liés aux brevets, COV et veille technologique
- Taux des frais de fonctionnement abaissé de 43 % à 40 %
- CII prorogé jusqu’en 2027 mais taux réduit à 20 %
- Rehausse du seuil des dépenses minimales pour les JEI
Mais le guide MESR a également mis à jour la structure de la trame de dossier justificatif CIR.
Celle-ci avait été profondément modifiée en fin 2024 par Bercy, quelques semaines après la parution du Guide MESR 2024. Ce nouveau millésime vient donc se conformer à cette nouvelle nomenclature, mettant l’accent principalement sur :
- La nécessité d’avoir des descriptions détaillées des hypothèses, étapes, méthodes et résultats
- L’introduction d’un plafond maximum du nombre de pages d’une fiche CIR, à 10 pages maximum
- Une focalisation du détail des éléments justificatifs sur 2 postes (Frais de Personnel, Sous-Traitance)
Enfin, notons la mise à jour complète de la section spécifique au dépôt des Agréments CIR et CII. Le MESRE ayant digitalisé complètement sa procédure de dépôt d’agréments via l’introduction cet été de la plateforme CIROCO, le guide vient détailler cette nouvelle procédure.
Est-ce que le guide introduit de nouvelles directives de rédaction ou d'analyse des opérations R&D éligibles au CIR?
La réponse est… Oui !
Au-delà de différentes modifications mineures, nous focalisons notre analyse sur les deux changements suivants.
Premièrement, une refonte complète de la section spécifique sur la définition d’une opération R&D éligible au CIR dans le domaine de l’Informatique. Cette refonte met principalement en avant la nécessite encore une fois d’avoir une démarche scientifique documentée ( hypothèses, des étapes de développement, des méthodes d’évaluation, des données collectées, des analyses des résultats et des conclusions.).
Surtout, une toute nouvelle section a été introduite sur la l’approfondissement de la définition d’une activité indispensable à une opération de R&D : une activité non R&D isolée peut être éligible si elle est indispensable à l’opération, sous réserve de 4 conditions cumulatives de cette activité :
- l’activité doit être réalisée dans le cadre d’une opération répondant aux critères de la R&D;
- l’objet de cette activité est en lien direct avec l’objet de la recherche menée dans le cadre de cette opération;
- l’activité doit être réalisée par une personne ou une équipe qui présente des qualifications techniques pour comprendre et/ou mener celle-ci;
- le résultat de cette activité n’existe pas par ailleurs ou n’est pas accessible.
Ces quatre conditions sont nécessaires pour établir le caractère indispensable d’une activité dans le cadre du CIR.
Le guide vient également illustrer ces nouvelles définitions dans 5 secteurs différents, en page 11 de son document.
[PLF26] Quelles informations doit-on tirer des discussions autour du budget et du projet de la loi de finances 2026?
Quelles sont les positions de l'écosystème sur le CIR, dans le cadre des discussions en cours sur le budget 2026?
Le projet de loi de finances pour le nouveau budget de l’état, présenté en Conseil des ministres le 14 octobre 2025 n’évoque pas explicitement le Crédit d’Impôt Recherche (CIR), mais au fil de l’eau différents amendements ont été évoqués lors des discussions de l’Assemblée Nationale.
1/ Quel est le positionnement du Gouvernement actuel sur le CIR ?
Même si le Premier Ministre avait évoqué dans son discours du 15 juillet 2025 une volonté de réaliser un effort important sur le budget de l’état afin de diminuer le déficit public notamment sur les niches fiscales sans toutefois préciser lesquelles, d’autres prises de positions démontrent une volonté de sacraliser le CIR.
En ce sens, Marc Ferracci, Ministre chargé de l’Industrie s’est exprimé publiquement sur le CIR à l’antenne de Sud Radio, le 24 juillet 2025 en assurant que l’intégrité du CIR serait préservée car il est nécessaire d’inciter les entreprises à investir dans un contexte de concurrence.
Depuis, Eric Lombard, Ministre de l’Economie, le 28 août 2025, lors de la Rencontre des Entrepreneurs organisée par le MEDEF a également affirmé la volonté du Gouvernement actuel de sanctuariser le CIR. N’oublions pas non plus de rappeler que Le Prix Nobel d’Économie 2025, Philippe Aghion qui avait préfacé notre livre blanc, a déclaré qu’il ne recommande pas de toucher au CIR dans sa forme actuelle, mais qu’il faut développer des instruments additionnels pour soutenir les innovations de rupture et combler le retard français face aux États-Unis.
2/ Quel est le positionnement de l’écosystème sur le sujet du CIR dans le cadre du budget 2026 ?
L’Assemblée Nationale débat. Le Parti Socialiste a proposé un « contre budget » avec pour objectif de réserver les aides aux entreprises – notamment le CIR – aux « TPE et PME innovantes »
Le MEDEF a proposé de compléter le CIR avec un nouveau programme de Laboratoires d’Excellence (LabEx) pour atteindre les 20 000 brevets français déposés par an.
Il convient toutefois de souligner que le MEDEF a sérieusement étudié la piste d’intégrer le CIR dans sa proposition « d’effacement parallèle », c’est-à-dire de renoncer à certains avantages financiers dont bénéficient les entreprises en échange d’un abaissement des seuils d’imposition.
Quelles nouveautés analyser, au rythme des amendements déposés ces derniers jours?
Contexte général
Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est historiquement l’un des piliers du soutien public à la recherche et à l’innovation en France. Il représente une dépense fiscale annuelle de plus de 7 milliards d’euros, bénéficiant à toutes les catégories d’entreprises, des start-ups aux grands groupes. Le PLF 2026, présenté le 14 octobre 2025, s’inscrit dans un contexte de rigueur budgétaire, avec pour objectif de ramener le déficit public à 4,7 % du PIB en 2026, tout en préservant les leviers de compétitivité et d’innovation.
Bien que le texte initial du PLF 2026 ne contienne pas de mesures explicites sur le CIR au budget de l’état, plusieurs amendements parlementaires ont été déposés et certains adoptés, modifiant potentiellement en profondeur le dispositif.
Quelques amendements notables.
En introduction des discussions de l’Assemblée Nationale sur le PLF, parlons de l’amendement de Paul Midy qui propose de réintroduire le dispositif Jeune Docteur, supprimé dans la loi de finances 2025. Ce dispositif permettait de doubler les dépenses de R&D liées à l’embauche en CDI de jeunes docteurs pendant les 24 premiers mois
Mais l’’un des amendements les plus marquants est celui porté par Emmanuel Taché (RN), adopté à l’Assemblée nationale dans la nuit du 28 octobre 2025 (I-823 : territorialisation du CIR). Il introduit une condition de territorialité pour bénéficier du CIR :
- Obligation de remboursement du CIR perçu sur les trois derniers exercices en cas de délocalisation ou de transfert volontaire d’activité hors de France.
- Exclusion du dispositif pour les trois années suivantes pour les entreprises concernées.
Ce remboursement s’appliquerait si la délocalisation entraîne une fermeture ou une réduction significative de l’activité en France, accompagnée d’une baisse du nombre d’emplois. [legifiscal.fr]
Cette mesure, bien que symbolique dans sa volonté de préserver la souveraineté industrielle, relance le sujet : comment concilier soutien à l’innovation et préservation de la souveraineté industrielle ?
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Nos experts de la Direction Juridique et Fiscale F.initiatives analysent chaque jeudi les nouveaux amendements autour des dispositifs de la fiscalité de l’innovation. Dès lors que ceux-ci sont pertinents (3500 amendements ont été déposés!), nous communiquons sur nos réseaux sociaux !