Introduction : les subventions Bpifrance doivent-elles être déduites du Crédit d'Impôt Recherche ?
Le Tribunal administratif de Paris a rendu le 28 janvier 2026 une décision particulièrement remarquée en matière de Crédit d'Impôt Recherche (CIR). Dans l'affaire Société Cleyrop (n°2406541), les juges ont considéré que les aides versées par Bpifrance n'avaient pas à être déduites de l'assiette du CIR, au motif que Bpifrance est une société anonyme et non une personne morale de droit public.
Cette décision vient alimenter un débat qui anime depuis plusieurs années les spécialistes du financement de l'innovation : quelles sont précisément les aides publiques qui doivent être déduites du Crédit d'Impôt Recherche ? La réponse à cette question a un impact financier significatif pour les entreprises innovantes bénéficiant simultanément de subventions à l'innovation et du CIR.
Si cette jurisprudence semble, à première vue, ouvrir la voie à une augmentation de l'assiette du CIR pour certaines entreprises financées par Bpifrance, une analyse approfondie conduit toutefois à davantage de prudence.
Rappel des faits
Les faits de l'affaire Société Cleyrop
La société Cleyrop, dont l'activité porte notamment sur la conception, l'édition, le développement et l'exploitation de sites internet et mobiles, avait déposé une demande de remboursement de sa créance de Crédit d'Impôt Recherche au titre de l'année 2022.
Dans sa déclaration de CIR, la société avait spontanément déduit de son assiette les aides financières reçues de Bpifrance, conformément à la pratique généralement retenue par les entreprises innovantes et leurs conseils.
Ensuite, en se basant sur la jurisprudence du CE FCBA, considérant que ces sommes ne constituaient pas des subventions publiques devant être retranchées de la base du CIR, la société a sollicité le remboursement complémentaire de son crédit d'impôt.
L'administration fiscale a rejeté cette demande, estimant que les aides versées par Bpifrance devaient bien être assimilées à des subventions publiques au sens du III de l'article 244 quater B du Code général des impôts et, à ce titre, être déduites des dépenses de recherche éligibles. La société a alors saisi le Tribunal administratif de Paris.
La question juridique posée au Tribunal
La difficulté résidait dans la qualification juridique des aides attribuées par Bpifrance. La question était donc la suivante :
Question posée au Tribunal : les aides accordées par Bpifrance constituent-elles des subventions publiques devant être déduites de l'assiette du Crédit d'Impôt Recherche ?
L'analyse du Tribunal Administratif
La solution retenue par le Tribunal administratif de Paris
Le Tribunal administratif de Paris a donné raison à la société Clayrop. Dans son jugement du 28 janvier 2026, il considère que dès lors que Bpifrance n'est pas une personne morale de droit public mais une société anonyme, les subventions qu'elle accorde n'avaient pas à être déduites des bases de calcul du CIR. En d’autres termes, les sommes versées par Bpifrance ne sont pas des subventions publiques au sens du III de l'article 244 quater B du CGI.
Le raisonnement du tribunal repose donc sur l’application de l'arrêt du CE de manière stricto sensu. Bien que l'établissement soit majoritairement détenu par l'État et exerce une mission de soutien à l'innovation, Bpifrance reste juridiquement constituée sous la forme d'une société anonyme. Pour le Tribunal, cette caractéristique suffit à exclure la qualification de subvention publique devant être déduite du CIR .
Cette analyse conduit à réintégrer dans l'assiette du CIR les sommes précédemment déduites par la société.
Pourquoi cette décision fait-elle débat ?
Cette décision s'inscrit dans un contexte complexe. Pendant des années, hormis le texte de loi et les quelques précisions apportées par le BOFIP (déduction des prêts à taux zéro de la BPI), aucune autre précision sur la qualification de ce qu’est une subvention n’avait été apportée, y compris par la jurisprudence. Si le doute n’est plus permis avec la loi de finances 2025 qui a entériné dans la loi une définition, la période entre le 12 juillet 2023 et la promulgation de la loi a ouvert une porte, compte tenu de la définition retenue par le CE.
L'enjeu est particulièrement important pour les bénéficiaires des aides de Bpifrance, qui constituent aujourd'hui l'un des principaux outils publics de financement de l'innovation en France. Pour de nombreuses PME et start-ups innovantes, la possibilité de conserver simultanément une subvention Bpifrance et l'intégralité du Crédit d'Impôt Recherche représenterait un gain financier substantiel.
L'analyse F.initiatives
Une décision à analyser avec prudence
Chez F.initiatives, nous estimons que cette décision doit être analysée avec prudence.
Premier élément essentiel : le litige portait sur des exercices antérieurs à la promulgation de la loi de finances pour 2025. Le cadre juridique applicable au dossier n'est donc pas exactement celui que connaissent aujourd'hui les entreprises qui préparent leur CIR 2025 ou leurs déclarations futures. Par conséquent, cette décision ne saurait être interprétée comme une validation automatique d'une nouvelle doctrine applicable aux déclarations actuelles de Crédit d'Impôt Recherche.
Deuxième point majeur : le jugement du Tribunal administratif n'est pas définitif. À ce stade, la décision reste susceptible d'appel. Une éventuelle intervention de la cour administrative d'appel, voire du Conseil d'État, pourrait conduire à une analyse différente. Or, en matière fiscale, il est généralement recommandé d'attendre la consolidation d'une jurisprudence avant d'en tirer des conséquences opérationnelles majeures. Une décision isolée ne constitue pas nécessairement une position stabilisée du droit.
Enfin, ceci est une interprétation littérale de la jurisprudence du Conseil d'État. Effectivement, si le CE n’a pas suivi le raisonnement de la CAA dans l’affaire FCBA, cela s’explique par des faits d’espèce particuliers .
Le cas examiné par le Conseil d'État concernait une structure associative à but non lucratif bénéficiant d'un statut très particulier. Or, la situation de Bpifrance apparaît sensiblement différente. Même si l'établissement est juridiquement constitué sous la forme d'une société anonyme, il demeure contrôlé majoritairement par l'État et poursuit des objectifs de politique publique clairement identifiés en matière de soutien à l'innovation, d'industrialisation et de compétitivité des entreprises françaises. À notre sens, les différences de contexte et de nature entre les deux situations méritent d'être prises en considération avant toute généralisation.
Notre recommandation : maintenir la position actuelle
À la date de publication de cette analyse, F.initiatives ne recommande pas de modifier les pratiques déclaratives habituellement retenues concernant les aides Bpifrance et le Crédit d'Impôt Recherche. Nous préconisons notamment :
- De ne pas déposer de déclarations rectificatives visant à réintégrer systématiquement les aides Bpifrance dans l'assiette du CIR ;
- De ne pas modifier la méthodologie de calcul du CIR 2025 sur le seul fondement de cette décision.
Une telle stratégie pourrait exposer les entreprises à des risques de remise en cause ultérieure si la jurisprudence venait à évoluer.
En conclusion
Une jurisprudence CIR à suivre, mais qui ne justifie pas un changement immédiat de pratique
Avec sa décision du 28 janvier 2026 (TA Paris, n°2406541, Société Cleyrop), le Tribunal administratif de Paris apporte un éclairage inédit sur le traitement des subventions Bpifrance dans le calcul du Crédit d'Impôt Recherche (CIR). En considérant que les aides versées par Bpifrance ne constituent pas des subventions publiques au sens de l'article 244 quater B du CGI, le tribunal ouvre un débat important sur la détermination de l'assiette du CIR et sur les financements devant être déduits des dépenses de recherche.
Pour autant, cette jurisprudence ne constitue pas, à ce stade, un bouleversement des règles applicables au CIR Bpifrance. Le jugement porte sur des faits antérieurs à la loi de finances 2025, il demeure susceptible d'appel et repose sur une analyse juridique qui pourrait être discutée par les juridictions supérieures. Les entreprises souhaitant engager une réclamation CIR ou remettre en cause leurs déclarations antérieures doivent donc faire preuve de prudence.
Chez F.initiatives, nous estimons qu'il est prématuré de modifier les pratiques actuellement retenues concernant la déduction des aides Bpifrance de l'assiette du Crédit d'Impôt Recherche. Dans la mesure où il n’est pas possible de pouvoir déposer une réclamation à titre conservatoire, il appartiendra à chaque société de s’interroger : souhaite-t-elle déposer une déclaration rectificative pour préserver ses droits éventuels, dans un futur incertain ou conserver son droit au désaccord d’interprétation avec l’administration fiscale sur un sujet qui aurait le mérite de valoir pour les années futures. Concluons à nouveau en rappelant que si débat il y’a sur cette courte période, le débat est clos depuis la loi de finances 2025.
Source : TA Paris, 1re section – 3e chambre, 28 janvier 2026, n° 2406541
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