Guide MESR 2025 et PLF 2026 : actualités CIR

Un nouveau guide CIR : le millésime 2025 du guide MESR

Ce mercredi 29 octobre, le MESR a publié le nouveau millésime 2025 de son guide MESR. Bien qu'il n'ait pas de valeur juridique (contrairement au BOFiP ou au CGI), il reste la référence pratique pour structurer les dossiers justificatifs et sécuriser les déclarations CIR. Nos experts en ont décrypté les modifications majeures.

Quelles nouveautés sur le guide MESR 2025 par rapport au guide MESR 2024 ?

Dans la continuité du BOFiP paru le 13 août 2025, le guide MESR a principalement mis à jour l'impact de la loi de finances 2025, qui a profondément modifié le contour du CIR 2025. Comme nous l'expliquions lors de nos derniers événements et articles, les impacts majeurs que l'on retrouve dans le guide MESR sont :

• la suppression du dispositif Jeune Docteur ;
• l'exclusion des frais liés aux brevets, COV et veille technologique ;
• l'abaissement du taux des frais de fonctionnement, de 43 % à 40 % ;
• la prorogation du CII jusqu'en 2027, avec un taux réduit à 20 % ;
• le rehaussement du seuil des dépenses minimales pour les JEI.

Mais le guide MESR a également mis à jour la structure de la trame de dossier justificatif CIR. Celle-ci avait été profondément modifiée en fin 2024 par Bercy, quelques semaines après la parution du guide MESR 2024. Ce nouveau millésime vient donc se conformer à cette nouvelle nomenclature, en mettant l'accent principalement sur :

• la nécessité d'avoir des descriptions détaillées des hypothèses, étapes, méthodes et résultats ;
• l'introduction d'un plafond maximum du nombre de pages d'une fiche CIR, fixé à 10 pages ;
• une focalisation du détail des éléments justificatifs sur deux postes : frais de personnel et sous-traitance.

Enfin, notons la mise à jour complète de la section spécifique au dépôt des agréments CIR et CII. Le MESR ayant entièrement digitalisé sa procédure de dépôt d'agréments avec l'introduction cet été de la plateforme CIROCO, le guide vient détailler cette nouvelle procédure.

Le guide introduit-il de nouvelles directives de rédaction ou d'analyse des opérations R&D éligibles au CIR ?

La réponse est oui. Au-delà de différentes modifications mineures, notre analyse se concentre sur deux changements.

Premièrement, une refonte complète de la section spécifique à la définition d'une opération R&D éligible au CIR dans le domaine de l'informatique. Cette refonte met principalement en avant, une nouvelle fois, la nécessité d'une démarche scientifique documentée : hypothèses, étapes de développement, méthodes d'évaluation, données collectées, analyse des résultats et conclusions.

Surtout, une toute nouvelle section approfondit la définition d'une activité indispensable à une opération de R&D : une activité non-R&D isolée peut être éligible si elle est indispensable à l'opération, sous réserve de quatre conditions cumulatives :

1. l'activité doit être réalisée dans le cadre d'une opération répondant aux critères de la R&D ;
2. l'objet de cette activité est en lien direct avec l'objet de la recherche menée dans le cadre de cette opération ;
3. l'activité doit être réalisée par une personne ou une équipe présentant des qualifications techniques pour la comprendre et/ou la mener ;
4. le résultat de cette activité n'existe pas par ailleurs, ou n'est pas accessible.

Ces quatre conditions sont nécessaires pour établir le caractère indispensable d'une activité dans le cadre du CIR. Le guide vient également illustrer ces nouvelles définitions dans cinq secteurs différents, en page 11 de son document.

[PLF26] CIR et budget 2026 : ce que disent les débats parlementaires

Le projet de loi de finances pour le budget de l'État 2026, présenté en Conseil des ministres le 14 octobre 2025, n'évoque pas explicitement le Crédit d'Impôt Recherche (CIR). Mais au fil des discussions à l'Assemblée nationale, différents amendements ont été déposés.

Quel est le positionnement du Gouvernement actuel sur le CIR ?

Même si le Premier ministre avait évoqué, dans son discours du 15 juillet 2025, une volonté de réaliser un effort important sur le budget de l'État afin de diminuer le déficit public — notamment sur les niches fiscales, sans toutefois préciser lesquelles —, d'autres prises de position démontrent une volonté de sanctuariser le CIR.

Marc Ferracci, ministre chargé de l'Industrie, s'est ainsi exprimé publiquement sur le CIR à l'antenne de Sud Radio le 24 juillet 2025, en assurant que l'intégrité du dispositif serait préservée, car il est nécessaire d'inciter les entreprises à investir dans un contexte de concurrence.

Depuis, Éric Lombard, ministre de l'Économie, a également affirmé la volonté du Gouvernement de sanctuariser le CIR, le 28 août 2025, lors de la Rencontre des Entrepreneurs organisée par le MEDEF. Rappelons enfin que le prix Nobel d'économie 2025, Philippe Aghion — qui avait préfacé notre livre blanc — a déclaré ne pas recommander de toucher au CIR dans sa forme actuelle, mais qu'il faut développer des instruments additionnels pour soutenir les innovations de rupture et combler le retard français face aux États-Unis.

Quel est le positionnement de l'écosystème sur le sujet du CIR dans le cadre du budget 2026 ?

À l'Assemblée nationale, le débat se poursuit. Le Parti socialiste a proposé un « contre-budget » avec pour objectif de réserver les aides aux entreprises — notamment le CIR — aux « TPE et PME innovantes ».

Le MEDEF a de son côté proposé de compléter le CIR par un nouveau programme de laboratoires d'excellence (LabEx), avec l'objectif d'atteindre les 20 000 brevets français déposés par an. Il convient toutefois de souligner que le MEDEF a sérieusement étudié la piste d'intégrer le CIR dans sa proposition « d'effacement parallèle », c'est-à-dire de renoncer à certains avantages financiers dont bénéficient les entreprises en échange d'un abaissement des seuils d'imposition.

Quelles nouveautés suivre, au rythme des amendements déposés ?

Contexte général

Le Crédit d'Impôt Recherche est historiquement l'un des piliers du soutien public à la recherche et à l'innovation en France. Il représente une dépense fiscale annuelle de plus de 7 milliards d'euros, bénéficiant à toutes les catégories d'entreprises, des start-ups aux grands groupes. Le PLF 2026, présenté le 14 octobre 2025, s'inscrit dans un contexte de rigueur budgétaire, avec pour objectif de ramener le déficit public à 4,7 % du PIB en 2026, tout en préservant les leviers de compétitivité et d'innovation. Bien que le texte initial du PLF 2026 ne contienne pas de mesure explicite sur le CIR, plusieurs amendements parlementaires ont été déposés, et certains adoptés, modifiant potentiellement en profondeur le dispositif.

Quelques amendements notables

En introduction des discussions de l'Assemblée nationale sur le PLF, l'amendement de Paul Midy propose de réintroduire le dispositif Jeune Docteur, supprimé par la loi de finances 2025. Ce dispositif permettait de doubler les dépenses de R&D liées à l'embauche en CDI de jeunes docteurs pendant les 24 premiers mois.

Mais l'un des amendements les plus marquants est celui porté par Emmanuel Taché (RN), adopté à l'Assemblée nationale dans la nuit du 28 octobre 2025 (I-823 : territorialisation du CIR). Il introduit une condition de territorialité pour bénéficier du CIR :

Source de l'amendement I-823 : legifiscal.fr.

Cette mesure, bien que symbolique dans sa volonté de préserver la souveraineté industrielle, relance le sujet : comment concilier soutien à l'innovation et préservation de la souveraineté industrielle ?